Si një nga autorët kryesorë të platformës politike të Komitetit Qendror të Stambollit, të cilën Abdyl Frashëri e parashtroi publikisht edhe me anën e artikujve që botoi në disa organe të shtypit evropian gjatë pranverës së vitit 1878, ai mori pjesë aktivisht në themelimin e Lidhjes Shqiptare të Prizrenit. Pas themelimit të Lidhjes, e cila e adoptoi këtë platformë, Abdyl Frashëri, u shqua si udhëheqës, organizator, diplomat dhe aktivist i saj. Veprimtarinë e tij kryesore e zhvilloi sidomos në viset e vilajetit të Janinës dhe të Kosovës.
Në Kuvendin themelues të Lidhjes së Prizrenit u zgjodh kryetar i komisionit të punëve të jashtme të saj. Ai përfaqësoi Toskërinë në Kuvendin e Parë të Dibrës (1 nëntor 1878), ku u miratua rezoluta me të cilën kërkohej zyrtarisht nga Porta e Lartë krijimi i vilajetit të bashkuar autonom të Shqipërisë. Ai qe organizatori kryesor i Kuvendit të Prevezës (janar 1879), i cili arriti ta pengonte lëshimin e Çamërisë në favor të Greqisë. Në pranverën e vitit 1879 kryesoi delegacionin e Lidhjes që vizitoi kryeqytetet e Fuqive të Mëdha për të mbrojtur nga afër tërësinë territoriale dhe të drejtat për autonomi të Shqipërisë. Abdyl Frashëri, ishte promotori i projektit që miratoi Kuvendi i Dytë i Frashërit për të formuar qeverinë e përkohshme. Ai udhëhoqi gjithashtu Kuvendin Kombëtar të Gjirokastrës që u shpreh për krijimin e shtetit autonom shqiptar me anën e lëvizjes së armatosur.
Pas shtypjes së Lidhjes, u arrestua dhe u dënua me vdekje nga gjyqi special osman, por dënimi u kthye në burgim të përjetshëm. Megjithatë, pasi qëndroi në burg 3 vjet dhe në internim 20 muaj, për arsye shëndetësore u lirua, por me kusht që të, hiqte dorë nga veprimtaria politike patriotike. Edhe pse i sëmurë dhe i izoluar, ai e vazhdoi veprimtarinë patriotike derisa vdiq në Stamboll më 23 tetor. Eshtrat e tij u sollën në Tiranë më 1978./kp
