Me hyrjen e trupave ushtarake të NATO-s, KFOR-it, në Kosovë në vitin 1999 filloi edhe transformimi i UÇK-së, duke përfunduar në vitin 2000.
Udhëheqësi i parë i TMK-së u emërua gjenerallejtënant, Agim Çeku. Sipas marrëveshjes, detyrat dhe të drejtat e TMK-së në atë kohë ishin veprimi për ndalimin dhe zvogëlimin dëmeve nga katastrofat natyrore dhe aksidentet, ofrimi i ndihmës në zona të rrezikuara, ndihma në pastrimin e fushave të minuara, ndihma për ri-ndërtimin dhe komunitetet.
TMK-ja u themelua në kohën e fillimit të organizmit institucional të vendit, që po ndodhnin jo vetëm në Kosovë, por edhe në rajon, e cila rritej e forcohej por në kushte jo të mira dhe paga të ulëta.
Më 2 shkurt 2007 i dërguari special për statusin e Kosovës, Martti Ahtisaari, dorëzoi propozimin e tij në Prishtinë dhe Beogradi, “Standardet për Kosovën”, në të cilën parashihej edhe shpërbërja e TKM-së, dhe krijimi i një force të re.
“Do të krijohet një forcë e re, profesionale dhe shumë-etnike për sigurinë e Kosovës, e cila do të jetë e armatosur lehtë dhe do të jetë e aftë të mbulojë nevoja të caktuara të sigurisë sipas Shtesës VII të kësaj marrëveshje. Trupat Mbrojtëse të Kosovës, pasi e arritën qëllimin e tyre, duke përfshirë këtu lehtësimin e rindërtimit pas lufte të Kosovës. Ato do të shpërndahen 1 vit pas miratimit të kësaj marrëveshjeje”, shkruhej në Planin e Ahtisaarit.
Shpërbërja e TMK-së është bërë me pajtimin e të gjithë faktorëve relevantë vendorë dhe të huaj. Më 21 janar 2009 u krijua Forca e Sigurisë së Kosovës, e cila fillimisht kishte përgjegjësi që të përballet me katastrofat e rënda, siç janë tërmetet, vërshimet ose zjarret që mund të kërcënojnë Kosovën.
Para katër vjetësh FSK është shndërruar në ushtri të Kosovës, ndërsa Ministria e FSK-së në Ministri të Mbrojtjes.