Në të morën pjesë 45 delegatë të zgjedhur nga Kosova dhe trevat e tjera shqiptare. Kongresin e udhëhoqi Komiteti Ekzekutiv, me në krye Musa Shehu, i shoqëruar prej Asllan Boletini, Shefqet Shkupi, Qazim Bllaca, Tahir Zajmi, Pjetër Vuçaj, Sheh Hasnai, Qemajl Balila, Hivzi Meraku, Luk Simoni, Haxhi Fahrija, dhe Sokol Dobroshi.
Kryetari i Këshillit Ekzekutiv, Musa Shehu, paraqiti rendin e ditës për t’u zgjedhë Paria e Kongresit që përbërë prej Kryetarit, dy nënkryetarëve dhe një sekretari.
Me votim të fshehtë Musa Shehu zgjidhet kryetar i kongresit, Aqif Blyta nënkryetar, Raxhep Krasniqi nënkryetar. Ndërsa sekretar i Kongresit u emërua Bedri Gjinaj.
Kuvendi vendosi formimin e Lidhjes së Dytë të Prizrenit, organizatë politike kombëtare, e cila do të angazhohej për bashkimin dhe mbrojtjen e trojeve etnike. Kuvendi zgjodhi Komitetin Qendror të Lidhjes, të përbërë nga 7 veta. Kryetar i Lidhjes u zgjodh Rexhep Mitrovica, veprimtar i njohur i çështjes kombëtare.
Në Kuvendin e Dytë, që u mbajt më 17-21 janar 1944, u bënë ndryshime në kreun e Lidhjes. Kryetar i Komitetit Qendror u zgjodh Bedri Pejanin, pas Rexhep Mitrovica ishte emëruar kryeministër i qeverisë që gjermanët ngritën në Tiranë. Kuvendi miratoi edhe statutin e Lidhjes, i cili u dekretua nga Këshilli i Naltë më 14 mars 1944.
Lidhja do të kishte dhe organin e vet “Lidhja e Prizrenit”, në faqet e të cilit propagandohej ideja e krijimit të Shqipërisë etnike dhe denoncoheshin krimet e kryera nga serbët ndaj shqiptarëve të Kosovës. Lidhja e Dytë e Prizrenit ishte një organizim i krerëve nacionalistë kosovarë, me në krye Bedri Pejanin i inkurajuar në periudhën kur Rexhep Mitrovica qe kryeministër.
Ndryshe nga Lëvizja Nacionalçlirimtare dhe disa grupime nga radhët e nacionalistëve, që qenë angazhuar në luftë kundër pushtuesve nazifashistë, forcat kryesore nacionaliste hezitonin që të bënin të njëjtën gjë, t’u bashkoheshin atyre, pasi mendonin se një luftë që udhëhiqej nga komunistët do të përfundonte me rivendosjen e pushtetit jugosllav në krahinë.
Përfaqësuesit më në zë të rretheve nacionaliste i konsideronin pushtuesin italian e më pas atë gjerman si të keqen më të vogël në krahasim me sundimin serb e jugosllav, që pritej të rivendosej pas tërheqjes së tyre.
Pikërisht për këtë arsye, pas kapitullimit të Italisë, ata përpunuan idenë e thirrjes së një kuvendi kombëtar, i cili duhej të hidhte bazat e krijimit të një organizate politike, që do të mbronte trojet etnike nga rreziku i ripushtimit të Kosovës nga forcat jugosllave, pas largimit të trupave gjermane.
